Напишите сценарий на bash, который будет читать ваш текстовый документ и вызывать imageMagic:
IFS=','
while read i val; do
вызов imageMagic $i, $val #$i - первый размер $val - второй размер
done < input.txt
значения координат углов должны быть в строках файла input.txt через запятую:
0,100
100,200
