Судя по постановке вопроса - проект еще даже не стартовал или находится на начальной стадии. Тогда зачем использовать yii2, если хочешь доктрину? Бури сразу симфони, там она уже интегрирована.
Yii2 по сути состоит из своего activeRecord и завязанных на нее grid-view виджетов. Если ни того, ни другого использовать не планируешь, то опять же, зачем тебе yii2?
Доктрина может генерировать миграции автоматическии, в Yii2 придутся ручками писать.