Неважно. Какой удобнее, такой и используйте.
Customs и directory форматы позволяют восстанавливать объекты выборочно, поддерживают параллельное восстановление и по умолчанию сжаты. Архитектура машины и ОС не имеют значения.
Проблемы могут быть только при восстановлении на сервере с более старой (мажорной) версией PG, тогда лучше использовать plain (даже в этом случае могут быть трудности). При заливке на новую версию проблем быть не должно.