Обычно банк берет 3% за услугу приема интернет-платежей. Есть банки с особыми условиями для интернет-магазинов, например. В Санкт-Петербурге известен «Петербургский социальный коммерческий банк». Готовая интеграция с платформой nethouse.ru, freelanser.ru, etc
Помню, год назад предлагали бесплатно регистрацию юрлица для интернет-магазинов. В общем, надо звонить в банк и разговаривать. Если вы на Северо-Западе, конечно. А в целом, с этим вопросом лучше на banki.ru или bankir.ru
Из зарубежных сервисов отметили уже PayPal. Добавлю Payoneer.com