Решение 1. Я конечно понимаю, что на php любят сваливать исходники и статику в одну кучу, но советую просто вынести всю статику в одну папку /static/ и будете через nginx спокойно отдавать все урлы, начинающиеся со /static/ как статику, а остальное — на php.
Решение 2. В nginx локейшины с regexp выполняются последовательно, поэтому можно написать:
location ~* \.php$ {
…
}
location ~ ^ {
root /project/;
}
Всё, что не пройдёт по первому условию пойдёт дальше.