чтобы таким образом работать с яндексом - вам надо яндекс деньги регнуть на юр. лицо.
дальше уже разбираться с приходами и расходами как с расчетным счетом этого юр. лица.
ну конечно агентский договор и отчетность в зависимости от вашей системы налогообложения.
тут надо консультироваться с яндексом и вашим бухгалтером.