Ну, как обычно, 2 часа без идей и как только задаю вопрос, сразу же нахожу решение.
Оставлю здесь, вдруг кому пригодиться, правильный способ фильтрации по множественному свойству:
$GLOBALS['arrFilter'] = array(
'PROPERTY_CATEGORIES' => array('90'), //CATEGOIES название множественного свойства
);