Можно попробовать поставить innodb-log-file-size = 512M (innodb-buffer-pool-size / 4) и, как подсказали выше - innodb-flush-method = O_DIRECT и innodb-flush-log-at-trx-commit = 0 -- про этот параметр советую почитать перед установкой:
https://www.percona.com/blog/2007/11/03/choosing-i...
Ну и уж если начали, то [paranoid mode on]А сами таблицы в каком формате? Надо бы, чтоб было: innodb_file_format=BARRACUDA[paranoid mode off]
