Finnish

Вопрос скорее к разработчикам composer.
Вам же могу посоветовать в качестве папки указывать точку:
$ composer create-project slim/slim-skeleton .

Да, можно использовать один и тот же запрос с разными значениями, но при большом количестве строк производительность Вас может огорчить.

А что если Вы создадите массив, куда будете писать все значения? Заполнять его будете одновременным с формированием строки запроса. Например, так:

$sql   = 'INSERT INTO `customers` (`id`, `name`, `email`) VALUES ';
$binds = [];
$index = 0;
$count = count($customers);
foreach($customers as $customer) {
    if ($customer->id) {
        $sql .= '(?, ?, ?)';
        $binds[] = $customer->id;
    } else {
        $sql .= '(NULL, ?, ?)';
    }
    if (++$index != $count) {
        $sql .= ', ';
    }
    $binds[] = $customer->name;
    $binds[] = $customer->email;
}
$sql .= ' ON DUPLICATE KEY UPDATE `name` = VALUES(`name`), `email` = VALUES(`email`)';
$query = $mysqli->prepare($sql);
foreach($binds as $bind) {
    $query->bind_param("s", $bind);
}