Теория
Реляционные базы подразумевают, что все часто используемые поля должны храниться в отдельных столбцах. В какой-то момент Вам понадобится искать/сортировать по городу, а его хранение внутри JSON сделает эту операцию крайне сложной.
Все преимущества JSON-а сводятся к тому, что в одной записи можно "легко" добавить или удалить какое-то поле, не прибегая к модификации таблицы. Лёгкость написана в кавычках потому, что модификация одного поля выполняется сложнее, чем первоначальная запись всего объекта: взять JSON; преобразовать в объект; модифицировать значение нужного поля; преобразовать в строку; записать её в базу данных. И делать это нужно будет средствами приложения, MySQL на это просто не способен.
Практика
Использование JSON является нормальной практикой. Если возникает необходимость выполнять поиск по какому-то полю, оно выносится в отдельную колонку. Работы по переносу рутинные, но требуют внимательности от программиста, т.к. путь до значения изменился. Например, раньше было user.data.city и стало user.city.
Сейчас набирает популярность PostgreSQL, где работа с JSON выведена на уровень SQL-синтаксиса. Там Вы сможете легко добавлять/модифицировать/удалять отдельные JSON-поля, не прибегая к помощи приложения. Даже индексы поддерживаются!..
