ffklffkl

Можете попробовать такой способ
В bower.json перегрузить main для бутстрапа

"overrides": {
    "bootstrap": {
      "main": [
        "./assets/stylesheets/**/*.scss"
      ]
    }

Затем вытянуть все файлы, изменив base (тогда структура папок сохранится). Возможно, поэлегантнее relative часть пути можно изменить, но пока так...

gulp.task('bootstrap', function () {
    return gulp.src(mainBowerFiles('**/*.{sass,scss}'), {base: __dirname + '/bower_components/bootstrap/'})
        .pipe(gulp.dest('./app/css/libs'))
});

Но мне кажется, лучшим решением было бы изменить путь для загрузки bower зависимостей сразу в папку app и спокойно собирать проект, не переопределяя main файлы, копируя кучу файлов для каждой новой зависимости