Вы, очевидно, неверно истолковываете назначение ключа как средства шифрования.
Это не так и оба билда с разными ключами будут практически идентичны - за исключением сигнатур, созданных на основе ваших ключей.
Прошу прощения, неверно понял вопрос.
Если это одно и то же приложение, собирающееся с разными ключами - оно в целом будет идентично, за исключением сигнатур. Если это разные приложения - ну да, они будут общими в части состава используемых библиотек.
Каких-то отметок, специфичных для места сборки я не встречал, хотя 100%-й гарантии дать не могу - это же Гугл.
