Вы не о том думаете. Нужно решать поставленную задачу, а не рассуждать "вот когда придет 100500 юзеров..."
Ищем класс сначала в апликэйшен потом в сустем, потом по подпапкам и т.д.
Современные php-приложения используют composer и у него есть
встроенное решение этой проблемы.
kohana врядли хороший выбор, берите быстро развивающиеся фреймворки с большим коммьюнити: symfony, laravel, yii 2.