Что-то я совершенно, не понимаю при чем тут инклюды. Вот простейший пример на коленке prntscr.com/c5ksyz, как оно тут само все будет собираться. Это я продублировал блоки, а если у них вся структура поменялась.
Файл стилей на выходе и так один после сборки. А с include jade отлично справляется. Проблема в том, что если есть часть верстки на выходе обычный Html -> header > menu > ul > li , который потом в cms своими хуками и выводами из базы header > menu > (куча функций cms) и если надо простейше вставить иконку к пунктам меню придется заново перебирать чистый html под движек