fStrange

Вопрос привычки.
Вариант с && используется большинством прогеров и поэтому более читаем и лучше использовать его.

Добавьте 1 параметр в функцию. Директорию которую не надо удалять.
Ну либо придется сохранить начальное значение $dir внутри функции.

И проверку на эту директорию перед rmdir.

Если речь о производительности, то вы этим не выиграете.
Если у вас 3 секунды php отдает страницу, то копать надо сам Битрикс, скорее всего затык в работе с БД.

проще отдавать не в json а в multipart/form-data тогда все будет работать привычно через $_POST

А что есть что в следующей ссылке:
site.ru/page/content/integration/1c/user/tariff/

Если page - контролер, а content - экшн, то то что дальше - параметры. Но вообще говоря, по ссылке не определить как выполнен роутинг и что есть что.
Контролером может быть к примеру user , а экшеном tariff.

Сохранять в свойствах класса $file

поздно, но пусть будет, сам искал недавно

FFmpeg image overlay — libavfilter
немножко документации
Копирайт на видео с libavfilter

не выбирайте быстрый, выбирайте удобный