Репозиторий не должен находиться на том же сервере, что и само приложение, историю изменений лучше держать отдельно. Самый простой способ - сделать git init на локальном рабочем месте, коммитить там же, а на сервер заливать по старинке через sftp (причём желательно всегда полностью удаляя и перезатирая файлы).
Если не хочется, чтобы исходники с историей были только на локальной машине - их можно синхронизировать куда-нибудь наружу на сервисы типа github, gitlab, bitbucket.