Стоит попробовать сгладить линию средствами самого градиента, используя первый попавшийся генератор градиентов: сделать еще на 1% белый с низкой прозрачностью.
В порядке костыля: сделать отрицательный маргин у нижнего блока, а смещение компенсировать падингом.
Еще вариант - если позиционирование нижнего блока абсолютное или фиксированое - можно еще сделать бордер у нижнего блока сверху на пиксель.