Если в двух словах, то ввести дополнительный слой абстракции - шину. Клиент делает запрос к шине, которая в свою очередь опрашивает инстансы доступных WCF-сервисов. Пока инстанс WCF1 обновляется, шина перенаправляет запрос на резервный WCF2. После деплоя обновления на WCF1 - переключаемся уже на обновленный сервис.