Тут если есть промежуточная таблица с айдишниками двух других, то связь MANY-MANY иначе бы смысла в такой таблице не было, из оф. документации вот она:
Так как связь variations используется не только в контексте size, нужно создать для этого отдельную связь где в параметрах указать выборку только уникальных значений size, либо перебирать массив
