1. Частота МК указана в начале даташит в разделе "Features ", более подробно расписано в разделе System Clock.
2. В примерах частота не имеет значения, а вот в реальных проектах дело другое. Выбор частоты определяется двумя факторами: 1. Быстродействие - чем выше частота, тем больше команд будет выполнено за единицу времени; 2. Энергопотребление - чем ниже частота, тем меньше потребляемый ток.
3. На картинке плата программатора USBASP ATmega8 и там точно кварц 12МГц. Выбранная частота связана с тем, что именно на такой частоте погрешность аппаратной эмуляции USB 1.1 минимальна
VUSB
4. Частота работы МК программатора с частотой программируемого МК ни как не связана в
этом программаторе МК вообще отсутствует.