Во-первых, надо уточнить, что за VDS. Если мастерхост, то сразу предупредите, т.к. это отдельная песня.
Во-вторых, нужно понять, из-за чего тупит mySQL. Выше правильно писали про lock на время записи.
Так же может не успевать диск (из-за ограничений VDS).
Я бы попробовал перевести в бд innodb и commit в 0 выставить (сброс раз в секунду на диск).
Далее есть такая штука как представления. И у них есть режим с кэшем в памяти. А SQL запросы уже к нему делать. К тому же их можно наплодить на разные случаи.
Ещё хорошо бы не забыть про memory таблицы. Скажем, писать ещё и в не memory, но читать массово только из неё.
Попутно стоит помнить про индексы. Их отсутствие делает select долгим, а чрезмерное присутствие долгим insert. Да и сами индексы новички обычно неправильно делают.
Ещё бы я вернулся к настройкам VDS, потому что они режут среднюю нагрузку по процу, памяти и дисковым операциям. Вас тупо может это резать. И заодно ещё вспомнил про объём БД в памяти. Если там уже много данных, а кэши не большие, то резать по диску будет.
