"AllowOverride none" в блоке "<Directory />", чтобы влияло надо поставить в "All", запретить листинг директории можно с помощью"Options -Indexes" добавив ее в ту же"<Directory />". И еще смотрите в директиве "DirectoryIndex", походу у вас там один "index.html", тогда добавте еще и "index.php"