ertaquo

Собственный домен — это что-то типа username.site.ru? Тогда тебе надо отключить в настройках хостинга автоматическое добавление поддоменов (если есть такая опция; например, у хостера Majordomo), а дальше обрабатывать в .htaccess или скрипте.
Перенаправление с username.site.ru/something на site.ru/username/something вроде бы так можно написать:
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^([a-zA-Z0-9]+)\.([a-z-]+\.[a-z]{2,6})$ [NC]
RewriteRule ^/(.*)$ %2/%1/$1 [R=301,L]

Попробуйте использовать скрипт из этой статьи: Evercookie — самые устойчивые куки