в Linux при удалении приложение(файл) остаётся в ОЗУ до перезагрузки или остановке процесса. Windows же закрывает все связанные процессы(или пытается) и удаляет файл, более не исполняемый.
Так можно удалить все корневые директории в Линукс и система будет работать, но при перезагрузке она не запустится.