либо определять среду запуска по какой-то переменной окружения если такие вообще есть.
либо самостоятельно в CMDER (либо наоборот в PHPStorm) если есть такая возможность - перед запуском bash устанавливать переменную окружения.
а в .bashrc проверять эту переменную по условию if и если есть переменная, то выполнять настройки для CMDER, если нет, то для PHPStorm
как-то так...
