Сделать свой класс MyClientScript (отнаследоваться от CClientScript).
Переопределить метод renderHead.
А именно — заменить используемую там регулярку preg_replace('/(<title\b[^>]*>|<\\/head\s*>)/is','<###head###>$1',$output,1,$count); на такую чтоб вставляла скрипты куда вам надо
Ну или напрямую изменить в коде фреймворка эту регулярку.