Итак. Всем большое спасибо за участие! Решение проблемы я выбрал следующие. Как советовал TekVanDo использую Tween анимацию. Она оказалось очень удобной. Метод TweenMax.fromTo решил некоторые мои проблемы. На страницах помимо анимации скроллинга есть другая анимация (слайдер и т п). Я сделал разделение анимации по блокам. Т. е. анимация в определенном блоке запускается только тогда, когда пользователь до него доходит.
