Так и хочется написать, мол «rm -rf /» все вернут на место. кхм, простите :)
на счет БД: у вас же скорее всего в /var/lib/mysql лежат базы, да? сделайте так, что бы mysql был ее владельцем.
Ну а дальше вам нужен скрипт на баш (как вариант), который будет выполнять два действия: получить текущий адрес, установить адрес на яндексе. И по крону, например, его вызывать.