В новом ВК есть страница с историей уведомлений.
https://vk.com/feed?section=notifications
Мне удалось долистать аж до 2011 года, там есть все ответы вам, по ним можно выйти на треды и удалить свои комментарии. Это не совсем то что нужно, но по крайней мере можно хоть что-то из старого удалить.
