Пользователь подписан на какую-то статью - а значит в БД есть для него отдельная таблица, пуская будет user_articles, с полями типа user_id | article_id. Добавляешь к этой таблице доп. поле, пускай будет - event_article, и оно будет иметь два значения - 0 или 1.
И так, пользователь подписан на статью, и он уходит на другую страницу, и к этой статье кто-то добавляет комментарий, и сразу при добавлении комментария нужно поменять 0 на 1 в event_article из таблицы user_articles все поля с которыми связана данная статья.
А теперь как показывать уведомление? При обновлении или переходе на другую страницу проверять из БД - есть ли события, то есть, равен ли event_article = 1, и если да, то берешь id статьи оттуда и показываешь сообщение (уведомление) с инфой о статьи.
А когда мы зайдем на страницу этой статьи, то нам нужно поменять 1 на 0.