Нашел причину такого поведения.
При разработке wsp пакета в свойствах по-умолчанию указан тип целевого сервера WebFronEnd, поэтому он устанавливается на сервер веб-приложений и сервер с центром администрирования (т.к. это веб-приложение). Чтобы установить пакет глобально на все сервера фермы (кроме сервера баз данных) нужно указать тип целевого сервера ApplicationServer.
