Евгений Хабаров

FTP-протокол использует более одного порта.
21 - это "управляющее соединение" (Control Connection).
Для передачи данных (вывод списка тоже относится к этому) используется отдельное соединение, которое называется "Data Connection".
В активном режиме инициатором этого соединения является FTP-сервер. На какой адрес и порт соединяться - сообщает клиент при открытии соединения. В настоящее время использовать такой режим передачи не рекомендуется.
В пассивном режиме инициатором соединения является клиент, а адрес и порт (динамический, меняется) сообщает FTP-сервер.

Нужно включать более подробное логгирование в FTP-клиенте, чтобы выводились команды, посылаемые на FTP-сервер и получаемые ответы.
Ну и проверить, не запрещено ли где-то соединение на порты, отличные от 21-го.

Нужно разбираться с ошибками.

В общем случае один раз скомпилированный класс будет запускаться на виртуальной машине Java такой-же или более новой версии без проблем. Но, не запустится на более старой версии, о чем будет выдана соответствующая ошибка.
Окружение для запуска Java-машины для разных платформ настраивается немного по разному. Например для Unix/Linux систем разделителем элементов в переменной CLASSPATH (в этой переменной задаются пути для поиска классов и библиотек классов) является двоеточие, а для Windows - точка с запятой.
Бывают и другие нюансы, например разные кодировки по умолчанию для разных платформ, из-за чего могут неправильно считываться файлы конфигурации используемых библиотек. Про использование Native-библиотек уже все сказали.