Нужно оптимизировать запросы, расставить индексы, включить кеш.
Более подробно есть отдельный раздел в мануале MySQL, так и называется
"Оптимизация":
Но учитывая то, что у вас всего 2 таблицы, скорее всего индексы не расставлены или кеш запросов не включен.