Егор

Deepin

Вначале копать в сторону команды top а линуксе, чтобы определить какой именно процесс грузит.
Опенкарт с 5000 товаров не может настолько грузить систему при обычной посещаемости.

CI прописывает только домен. Это делается в application/config/config.php.
Где лежат ваши файлы на сервере устанавливать не нужно.

На 1-ом сервере - создать запрос на 2-ой сервер (wget, CURL).
А на 2-ом, в том методе, который принимает запрос, выполнить exec().