И в скрипте и в стилях был косяк ;)
codepen.io/anon/pen/MmYQzo?editors=1111
для второго span нужно указать селектор input:checked ~ span (выбирает все следующие соседние span'ы после input:checked), а не input:checked + span (выбирает первый следующий соседний span)
А в скрипте, можно поправить так:
var $span = $('<span id="text"></span>').text($input.val())
$('.todo-items label:first-child').append($span);