Вероятно данные пакеты были удалены из файла composer.json, но при этом присутствуют в файле ./vendor/composer/installed.json. Последний используется для хранения перечня установленных пакетов.
Сравнив эти 2 файла композер определит какие пакеты были удалены из composer.json "вручную" и удалит их из папки vendor.
Удалите из файла installed.json записи относящиеся к пакетам, которые хотите сохранить.
Источник