src в DocBook/XML + любой SCM (git, svn, hg или более старое).
По вашим требованиям все есть (он и создавался как раз для написания книжек в далеких 90-х):
1. Редактирование и merge.
2. Вложенность страниц, если я правильно вас понял. Т.е. есть некий root (book) и вложенные страницы (chapter). Количество вложенных chapter может варьироваться.
3. Теги (conditional profiling) - выходной результат в зависимости от условия.
P.S. Но только это не CMS. Редактор - обязателен. Для особо красноглазных и гигнутых, конечно, можно писать прямо в vim/nano и т.п., но для обычных людей - не вариант :)
