А Mongo ли виновата? Ключевая фраза в вопросе: "вывожу их в html". А по умолчанию при показе html любые последовательности пробельных символов (табуляции, пробелы, переводы строк и т.д.) отображаются как один пробел.
Чтобы текст выводился как есть - со всеми пробельными символами - надо использовать либо
https://webref.ru/html/pre, либо
https://webref.ru/css/white-space.
