Судя по всему - вы питон из исходников собирали.
Установите из репозиториев и не мучайтесь.
Если этот вариант не для вас, то пересоберите после установки пакета libbz2-dev заново питон, ща команда configure
увидит заголовочные файлы libbz2 и настроит сборку с его поддержкой