Храни код в репозитории, например на Bitbucket. Конфиги в репозитории хранить не надо.
Настрой деплой, для этого есть множество инструментов, например:
magephp.com
capistranorb.com
deployer.org
Дальше все будет просто: пушим изменения в репозиторий, запускаем деплой в нужное место.