Настройте сервер чтобы использовал меньше памяти. В вашем "dmesg | tail” четко видно что сервер убивает процессы, так как ему не хватает памяти.
Варианты решения включают:
- уменьшение pm.max_children в настройках PHP-FPM
- выделение большего файла подкачки
- уменьшение размера буферов MySQL.
Вобщем самая базовая настройка сервера не проведена. Так что ждать тут проблем можно каких угодно, прежде чем проблема нехватки памяти не решится.