Обычное приложение никак. Если Вы пишете приложение, то в среде разработки, которую Вы используете должен быть тип приложения "Сервис". Должны обрабатываться события и команды (Как минимум Windows должен узнать, что сервис успешно запустился, а не завис).
Сервис - запускается из под системы, а большинство сегодняшних приложений имеет Gui. То есть оно не будет отображаться. Должен быть вариант работы приложения в фоне.
Как правило службы из консоли можно установить запусти с параметром /install
/uninstall соответственно деинсталляция.
Вы можете попробовать запустить приложение через планировщик (можно выбрать когда запустить и от какого имени), добавив туда задание, по сути будет тоже самое, приложение появится в процессах, не будет лишь возможности его остановить/перезапустить.