Есть вариант. чтобы при закрытии браузера все закладки автоматически скидывались в bookmarks.html, то есть и получается автоматический бэкап.
Подробнее:
kb.mozillazine.org/Browser.bookmarks.autoExportHTML
Можно задать, куда именно сохранять файл:
kb.mozillazine.org/Browser.bookmarks.file
Всё настраивается в about:config.