Yury Bondaruk

Решение, которое помогло мне избавиться от лишних запросов (реализация варианта 2, представленного Дмитрием выше)
Mod::class

public function files() {
        return $this->hasMany(File::class);
    }

    public function mod_files() {
        return $this->files()->where('type', 'mod');
    }

И ModController

public function index()
    {
        $mods = Mod::with('categories')
            ->with('mod_author')
            ->with('files')
            ->with('mod_files')
            ->paginate('10');

        return ModResource::collection($mods);
    }

stackoverflow

Решение: необходимо было указать foreignkey 'author' и ownerkey 'id' :)