Рекомендую к прочтению следующий материал:
https://habrahabr.ru/company/sprinthost/blog/125839/
А вообще, я слабо верю в то, что рег.ру занимается подобным маразмом.
UPD: требуется найти доказательства факта заражения извне, иначе это сделал/недосмотрел хостер.
Так?
Вы в любом случае никому ничего не докажите. На любом хостинге в случае обнаружения взломанных сайтов последует блокировка. И хостинг почти никогда не будет в этом виноват