Ну так причём тут крон? Ты просто в кроне укажи sh скрипт на запуск. А в самом скрипте уже делай проверки какие ты хочешь. Можешь писать pid запущенного в файл и искать перед запуском такой среди запущенных. Или наверное можно по имени найти в списке процессов. Вообщем все в твоих руках.