Если зачистить прямо все-все, то:
1) через конфигуратор сохраните конфигурацию,
2) создайте новую пустую базу,
3) загрузите в новую базы конфигурацию из оригинальной базы
4) сохранитесь и получите абсолютно пустую базу
Если вам нужно выполнить свертку данных, то это делается специальными обработками. На диске и на сайте ИТС есть обработка "
Свертка информационной базы", которая подходит для наиболее популярных конфигураций. Если она вам не подходит, то погуглите другие решения по сайтам 1С-ников (типа infostart.ru). Если и там ничего не найдете, то нужно будет заказать у специалистов написание такой обработки под вашу базу.