PhpExcel очень классная и универсальная штука. Получение значения ячейки и получение ее формулы - производятся разными отдельными методами. Насколько помню, библиотека поставляется с большим числом примеров (или тестов?), где все прекрасно описано.
Рекомендую открыть результирующий файл в текстовом редакторе и убедиться, что в нем нет ничего лишнего (лишних пробелов в начале, ошибок РНР и другого мусора).