Как нередко бывает — все оказалось намного проще)
Настройки я смотрел и менял только в файле /etc/httpd/conf/httpd.conf (который реально используется).
Но оказалось что всё что касается префорка хоть и было указано в основном файле, но также было продублировано в отдельный файл /etc/httpd/conf.d/prefork.conf — его я сразу не заметил =\
Всем спасибо за помощь, плюс вам в карму! :)