Попробуй
SPARTA, там можно по списку запускать поиск. Используются внутри nmap и другие сканеры, даёт хорошие результаты.
А почему именно на linux? Чтобы просканировать все домены одного сайта, можно заюзать облачные сканеры. Вроде acunetix.com или metascan.ru, они умеют обнаруживать забытые поддомены, хосты разработчиков и другую инфраструктуру.
